Behandling af den internationale registrering
Behandlingen af en Madrid Protokol varemærkeansøgning sker i tre faser. Den første fase hos den modtagende myndighed, som en del af ansøgningens indlevering, anden fase hos WIPO, og tredje fase i det enkelte designerede land.
WIPO's behandling af ansøgningen
Det er WIPO's opgave at påse, om ansøgningen opfylder de formelle betingelser, og om varer og tjenesteydelser er klassificeret korrekt. Accepterer WIPO ansøgningen, bliver mærket straks registreret og offentliggjort i Gazette of International Marks.
Den internationale registrering giver ikke i sig selv en varemærkeret i de designerede lande, men kan betragtes som grundlag for en ansøgning herom. Om varemærket får gyldighed i disse lande afgøres efter det enkelte designerede lands lovgivning og praksis.
WIPO's behandling af den internationale registrering er beskrevet yderligere i Guide to the International Registration of Marks under the Madrid Agreement and the Madrid Protocol.
Behandlingen i de designerede lande
De designerede landes myndighed har 12 eller 18 måneder til at afgøre, om den internationale registrering kan få gyldighed i landet. Er mærket ikke foreløbigt afslået inden for fristen, vil mærket automatisk få gyldighed, selvom der måtte være hindringer for mærkets registrering. De fleste lande har dog regler om, at mærker kan ophæves på anmodning fra tredjemand, enten ved en administrativ procedure eller ved dom, hvis mærket har fået gyldighed i strid med loven.
En ansøger, der modtager et foreløbigt afslag på registrering i et land, kan argumentere mod myndighedens afgørelse, hvis landets lovgivning åbner mulighed herfor. I den nationale lovgivning vil det ofte være krævet, at ansøgeren skal være repræsenteret ved en fuldmægtig fra det pågældende land, og sagen vil også som udgangspunkt blive behandlet på landets eget sprog.
Bliver en designering helt eller delvist accepteret, får den internationale registrering gyldighed i det pågældende land svarende til en national registrering. Protokollen er et fleksibelt system, hvilket indebærer, at selvom den internationale registrering bliver afslået i ét land, kan den godt bestå i et eller flere af de øvrige lande, hvis der ikke er hindringer i disse lande.
En indsigelse mod en designering vil ofte kunne fremsættes efter fristen på 12 eller 18 måneder er sprunget, ligesom en ophævelse af registrering, enten i forbindelse med en administrativ ophævelse eller en ophævelse ved dom, vil kunne ske efter de nationale regler i det designerede land.